Pada tahun 1999, terdorong oleh keinginan untuk ikut serta mencerdaskan bangsa Yayasan Indonesia Mandiri (YIM) mengembangkan program pendidikan lain yang berada sibawah naungan YIM, yaitu bidang ekonomi untuk jenjang Diploma dan Sarjana.
Tahun 2000, Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi STAN-Indonesia Mandiri terakreditasi melalui MENDIKBUD RI No. 218/D/O/2000. Berdasarkan PP No 60 Tahun 1999 tentang perguruan tinggi, maka STIE STAN-IM dinyatakan sebagai kampus otonom.
Merujuk pada SK Menteri Pendidikan Nasioanal No. 045/Kepmen/2002 tentang pendidikan tinggi, maka STIE STAN-IM dapat menyelenggarakan aktifitas akademisnya dan setiap lulusannya memiliki ijazah disamakan.